Ústav českého jazyka a teorie komunikace vyučuje dvě rozdílné skupiny oborů – obory bohemistické a obory zabývající se českým znakovým jazykem –, a tudíž má analogicky také dvě základní oblasti výzkumu. První oblastí je zkoumání českého jazyka jako takového i v mezioborových souvislostech, v němž v rámci ústavu existuje několik prioritních směrů: v návaznosti na odbornou tradici ústavu je to především synchronní i diachronní bohemistika ze strukturního a funkčního úhlu pohledu, dále pak teorie textu a komunikace, etnolingvistika, pedagogická lingvistika a didaktika jazyka, sociolingvistika a kulturní dějiny češtiny. Druhou oblastí, v rámci ČR zcela ojedinělou, je pak výzkum českého znakového jazyka a komunikace neslyšících, a to samostatně i v konfrontaci s češtinou i jinými mluvenými či znakovými jazyky. V obou oblastech se pracovníci ústavu kromě základního výzkumu věnují i práci ediční a popularizační a podílejí se na vytváření příruček pro různé stupně škol včetně multimediálních učebnic a slovníků českého znakového jazyka.

Po několik let se většina pracovníků ÚČJTK podílí na široce pojatém výzkumném záměru Jazyk jako lidská činnost, její produkt a faktor, jehož vedoucím je doc. PhDr. Zdeněk Starý, CSc., z ÚLUG. Části tohoto projektu řešené na ÚČJTK jsou dvě, jedna s obecně bohemistickým a mezioborovým zaměřením, zahrnující i problematiku českého znakového jazyka, nazvaná Problémy porozumění jazyku a světu – různé jazykové konceptualizace světa, a jedna zaměřená úžeji na komunikaci ve škole a v médiích, pod názvem Analýza školní a mediální komunikace. Kromě toho jednotliví pracovníci ústavu řeší vědecké projekty podle svého odborného zaměření a zapojují se do českých i mezinárodních vědeckých aktivit.
V oblasti propojování výzkumu a výuky pracovníci ústavu pravidelně řeší projekty v rámci Fondu rozvoje vysokých škol, zaměřené na inovaci jednotlivých vyučovaných kurzů a rozšiřování nabídky o kurzy nové, a projekty rozvojové (nejnověji např. projekt Vzdělaností k integraci neslyšících). Od roku 2011 probíhá na ÚČJTK komplexní projekt inovace a zkvalitnění výuky v bakalářském stupni na základě nejnovějších vědeckých poznatků, a to v rámci evropského projektu OPPA.

V současnosti nejvýznamnějším publikačním projektem Ústavu českého jazyka a teorie komunikace je recenzovaný časopis Studie z aplikované lingvistiky (Studies in Applied Linguistics, SALi), vzniklý transformací časopisu Čeština doma a ve světě, vydávaného ústavem jako čtvrtletník v letech 1993–2008. Časopis vychází od roku 2010 dvakrát ročně a zaměřuje se na vybraná témata aplikované lingvistiky, interdisciplinární oblasti popisu jazyka a styčné metodologické otázky. Vedle odborných studií časopis obsahuje portréty významných lingvistických osobností, překlady či přetisky základních a inspirativních prací ve vývoji relevantních oblastí lingvistiky, recenze odborných publikací a aktuální zprávy o dění v oboru, primárně ve středoevropském regionu. Příspěvky jsou v českém, slovenském nebo anglickém jazyce, každý příspěvek je doplněn anglickým abstraktem, popřípadě ještě rozsáhlým résumé v dalším cizím jazyce.
Z dalších periodicky vydávaných publikací je možno zmínit sborníky z pravidelných konferencí, a to česko-polské konference, pořádané spolu s ÚČLLV a varšavskou univerzitou, a mezinárodní konference studentů a doktorandů InterFaces, pořádané spolu s lipskou a vratislavskou univerzitou.

Jiří Rejzek: Český etymologický slovník. Praha 2001. Moderní český etymologický slovník přinášející více než 11 000 základních hesel včetně jejich odvozenin a téměř 64 000 odkazů na ekvivalenty v dalších jazycích.

Božena Němcová: Korespondence I–IV. Praha 2003–2007. Ediční zpracování textu R. Adam, J. Janáčková, M. Pokorná, L. Saicová Římalová a S. Wimmer. Nová kompletní vědecká edice významného kulturně-literárního pramene.

Jaromír Linda, Alexandr Stich, Alena Fidlerová, Martina Šulcková: Repertorium rukopisů 17. a 18. století z muzejních sbírek v Čechách. Díl I/1, 2, A–J. Praha 2003. Alena Fidlerová, Martina Bekešová: Repertorium rukopisů 17. a 18. století z muzejních sbírek v Čechách. Díl II/1, 2, K–O. Praha 2007. Podrobný soupis veškerých raněnovověkých rukopisů dochovaných v muzeích na území Čech.

Jan Chromý, Eva Lehečková: Rozhovory s českými lingvisty I–III. Praha 2007–2010. Publikace mapující formou rozhovorů s nejvýznamnějšími žijícími českými lingvisty různého zaměření nedávné dějiny lingvistiky v Čechách a na Moravě a snažící se tak přispět k historické paměti oboru.

Irena Vaňková, Iva Nebeská, Lucie Saicová Římalová, Jasňa Šlédrová: Co na srdci, to na jazyku. Praha 2005. Publikace popisující jak základní teoretická a metodologická východiska kognitivní a kulturní lingvistiky, tak konkrétní možnosti jejich využití v souvislosti s češtinou a bohemistikou.

V domácím prostředí spolupracuje Ústav českého jazyka a teorie komunikace odborně i pedagogicky zejména s Ústavem pro jazyk český AV ČR. Z významných zahraničních institucí, se kterými ÚČJTK udržuje dlouhodobou spolupráci, je možno jmenovat mimo ty, s nimiž ÚČJTK pořádá společné konference a které jsou zmíněny níže, např. Friedrich-Humboldt Universität Jena, na níž pravidelně pedagogicky působí pracovníci ústavu, či Uniwersytet M. Curie-Sklodowskiej Lublin, přední evropské pracoviště zabývající se etnolingvistikou, s nímž udržují dlouhodobou odbornou spolupráci zejména pracovnice ústavu zaměřené na tuto problematiku.

Ústav českého jazyka tradičně organizuje ve spolupráci s dalšími institucemi vědecké i studentské konference; jak pravidelné, založené na dlouhodobé spolupráci, tak jednotlivé ročníky zavedených akcí konaných na různých institucích nebo jednorázové podniky. Z pravidelně se opakujících akcí je to česko-polská konference, pořádaná spolu s Ústavem české literatury a literární vědy a varšavskou univerzitou, která se koná v dvouletých intervalech střídavě v Praze a ve Varšavě a jejíž zatím poslední, 22. ročník proběhl 25.–27. 10. 2010 ve Varšavě. Pro studenty pořádá ÚČJTK spolu s lipskou a vratislavskou univerzitou mezinárodní konferenci studentů a doktorandů InterFaces (v roce 2009 se konala v Praze, v roce 2011 se bude konat v Lipsku). Z významných pravidelných mezinárodních konferencí, jež v nedávné době hostil ÚČJTK, je možno jmenovat 9. výroční konferenci Asociace
slovanské kognitivní lingvistiky (SCLC-2009), pořádanou The Slavic Cognitive Linguistics Association (SCLA) v Praze 15.–17. 11. 2009, nebo 6th International Conference on Construction Grammar (ICCG-6), zaměřenou na konstruktivistické popisy jazyka a uskutečněnou v Praze 3.–5. 9. 2010.

Pro své studenty i studenty jiných základních součástí i českých a zahraničních univerzit pořádá ÚČJTK pravidelný víkendový workshop Žďárek, na němž mohou představit výsledky své vědecké práce a diskutovat o nich s kolegy.